제가 2021년, traditional IRA에  after-tax(w-2에서 텍스 다 떼고 받은 금액) $6,000을 넣고, 리턴 때 Tax deduction을 받았습니다. (3년동안 $40 불어서 $6,040불이 되었네요.....)

이렇게 되셨으면 pre-tax로 들어간 것이죠.

1. Deduction을 받으셨으니 Pre-tax에서 pre-tax가 맞습니다.
IRA는 월급에서 자동으로 들어가는 옵션이 없으니 after-tax로 다 넣게 되고요.
Deduction을 받으시면 pre-tax가 되고, 못받으셨다면 after-tax가 되는 개념입니다.

2. 이왕 이렇게 되셨고, 그동안 수익도 크지 않으니 전액 컨버젼하시면 $6,040이 추가 수입으로 잡히겠습니다.
이왕 이쪽을 택하실 것 같으면 다 해버리세요.

세금이 얼마냐는 AGI가 어떻게 잡힐지 모르니 전혀 예상이 불가합니다.
마지막 tax bracket 세율 * $6,040이 되겠네요.

랏님께서 잘 설명하셨는데 "조언을 많이 부탁"한다 하시어서(!) 저도 추가로 댓글 달아드릴게요.

1. 2021년에 하신 건 after tax가 아닙니다. 소득에서 공제 받았으니 tax내야하는 걸 세금보고하면서 세금에서 리펀드로 적용 받은 거니까요.

2. 전액인 $12540을 conversion하시면 전액 중 예전 2021년에 불입한 $6040는 과세대상이 되고, 신규불입금액은 nondeductible로 해서 넘기게 되면 그 부분은 과세대상을 피하게 되죠. (과세대상도 피하지만 소득공제도 피하는 격)

2021년에 하신 걸 놔두고 신규불입금만 conversion하시면 pro rata가 적용되는 거에요. $6040/$12540 = 48.17%. 그래서 신규불입금 $6500만 넘기면 $6500*0.4817 = $3130.78이 과세대상 소득으로 잡히게 되구요. 이거 매년 할 때마다 traditional IRA의 잔액의 비율을 계산해야 해서 번거로움이 있습니다.

얼마를 conversion할지는 선택하시면 되는데 만수누나코코님의 tax bracket에 따라서 세금이 부과됩니다. 만약 24%이거나 32%이면 위에서 설명한 과세대상으로 conversion한 금액에 그 세율을 곱하면 나올거에요.

제목에 쓰신대로, 기존 traditional IRA금액이 좀 많다면 현재 직장 401k에서 2021년 traditional IRA 금액 롤오버를 받아준다면 최대한 빨리 진행해서 12/31전에 넘기면 pro rata를 피할 수 있는 방법이 최고인데, $6040 정도는 애매하긴 한데, 더 중요한 건 직장 플랜에서 받아주는지 아닌지는 직장플랜규정사항입니다.. 아무튼 알아보시고 결정하시면 되구요.

PS. 그리고 많이들 '은퇴연금'이라고 표현하는걸 봤는데 연금은 직역하면 annuity 혹은 pension으로 저는 알고 있어서 '은퇴계좌'가 더 정확하지 않나 싶어요.

라이트닝님 도코님 소중한 답변 감사드립니다.

조언해주신 글 읽어보니, 시간 관계상 401k로 옮기는 것보다는 그냥 깔끔하게 모두 컨버전하고 세금 딱 내고 마는 게 심적으로 편할 것 같네요. 

정말 왜이리 어려운지...오늘도 많이 배워갑니다. 해피 땡스기빙 되세요!