예. 맞습니다.
저도 금년 새로운 여권으로 변경한 후, 한국에 처음 들어갈 때는 줄서서 입국했습니다. 도착하자마자 곧바로 가서 새로운 여권으로 업데이트 하였습니다. 구여권에 SES스티커가 있으므로, 신여권과 함께 같이 가져가서 증빙으로 보여주었었구요. SES등록할 때 시간은 다행히 기다리는 줄이 짧아서 2분 소요되었습니다. 먼저번 SES를 처음 등록할 때, 약 5 ~6명이후로 대기표를 받고 줄을 서서 등록했던 적이 있었지요. 

또 2년전쯤 입국할 때에는 외국인 입국줄이 너무 길어서 약 30여분간을 기다린 적이 있었는데, 먼저번 입국하던 때가 중국의 사드여파로 중국관광객들이 확연히 줄어든 때라서 인천공항 외국인 입국줄도 거의 없어서 빠르게 나왔었습니다. 신규여권을 등록하고 나니, 인천공항에서 출국할 때, 이전과 같이 SES로 쉽게 출국진행이 되었습니다. 쓰면 쓸수록 SES 너무 좋습니다~~

참고로 저녁 인천공항의 출입국관리국의 SES등록센터가 새벽 6시30분부터 저녁 7시30분까지 오픈하며, '문제없이님'의 말씀처럼 인천공항 3층 Checkin카운터 F구역에 있습니다.