티모님, 무플방지라서 우선 부족하지만 회신드립니다.
저는 CPA는 아니지만, 비지니스를 하는 사람으로서 볼 때 당시 2000년부터 2005년까지 체류하실 때의 비자가 E2비자라면, 사업장을 운영하셨거나 사업장을 관리하셨을 테이므로 분명히 IRS에 Tax Filing을 하셨을 것입니다. 그런데 Tax Filing하는 시기를 놓친 후에, 나중에 하면, 종종 CPA께서 어떻게 하느냐에 따라서 IRS의 수입보고 및 세금 납부금액등이 SSA (Social Security Adminitration)의 보고 내용과 다를 수 있습니다. 이모님께서 우선 확인하셔야 할 것이 당시 IRS에 Tax Filing한 서류를 찾는 것입니다. 만일 없다면 인근의 CPA를 통하여 이를 확인해보시는 것이 좋겠습니다. 만일 IRA의 Filing 보고 금액과 SSA의 납부금액이 다르거나 없다면, SSA에 연락하셔서 수정요청을 하시면 수정해줍니다. 2000년 초에는 아직 E-file하는 것이 보편화되지 않아서 이런 일이 종종 있을 수 있을 것입니다. 또 E2비자로 비지니스를 하셨다면 당시 반드시 회계서비스를 해주던 CPA가 있을 것입니다. 그분께 다시 연락을 하되, 만일 너무 오래전 일이라서, 지금은 해당 CPA께서 폐업을 하셨거나 Retire를 하셨다면, 통상 그분의 고객을 이어받은 다른 CPA가 Local에 대부분 있으므로, 잘 확인하고 연락하시기는 것이 좋겠습니다. 아무쪼록 잘 해결되시기를 바랍니다.   

티모님 아시다시피 돌팔이 회계사입니다. 

여러가지 경우의 수가 있을 것 같아요. 가장 중요한 것은 그 당시 택스 리턴을 보고 이야기 하는게 제일 좋을 것 같은데요. 그 당시에 이모님 비지니스가 Sole, LLC, S-Corp, C-Corp 이었냐도 알 수 있으면 좋을 것 같아요. 

1. 보통 E2는 LLC로 많이 할 것 같은데, 만약 그당시 세금 보고시 이모님이 Active member로 보고 되지 않았으면 Self-Employment Taxes (즉 SS Tax)를 내지 않으셨을 것 같아요. 

2. LLC였는데 Active member로 신고가 되어 있을 경우인데, 제 촉으로 2003년만 기록이 있다고 하면 혹시 5년중에 2003년만 세금 보고할 이익이 있었던게 아닐까요? 나머지 년도는 비지니스 인컴이 Zero 이거나 마이너스로 신고 하셔서 SS Tax 를 하나도 안 내셨을 수도 있습니다.  Self-Employment Tax도 비지니스 소득이 있어야 낼 수 있게 계산이 되는 거거든요.

벌써 10년이나 넘게 지나서 그 다시 자료가 남아 있을지 모르겠네요. 일단은 늘함께 말씀처럼 그 당시 자료를 찾아서 수소문 해보는게 제일 좋을 것 같아요. 

해당년도 택스스크립 요청해서 보시면 됩니다.