IRS와 별개로, 정확한건 약관을 읽어 봐야 하겠지만 보통은 같은 체스 계좌에서 보내시면 보너스 못받는걸로 알고 있습니다. 

Married Filing Jointly라면 부부사이의 금전관계는 전혀 문제가 되지 않을 것 같지만 (어짜피 아내돈이 내돈이고 내돈이 내돈.. ㅎㅎㅎ), 저두 자신은 없습니다. 더 전문가분의 답을 기다리시거나 급하시면 CPA에게 물어보시는게 낫지 않을까요?

부부관계라면 IRS 문제는 전혀 걱정하지 않으셔도 됩니다.

1. 너무 거액이라 한번에 보내시면 fraud alert 뜨고 락 걸려서 전화하셔서 푸셔야할 것 같구요.

2. 저라면 5만불 있으시면 만오천불 넣고 3백불 받는 시티 두개랑 2만불 넣고 750불 받는 체이스비즈체킹 하나 이렇게 할거 같구요,

3. 롱텀으로 온라인 은행 뱅보를 하시고 두어개를 조인트 어카운트로 만드셔서 hub account로 쓰시면 좋아요. 저희는 보아랑 로컬은행 하나 이렇게 두개만 이렇게 조인트로 써요.

저희는 체이스는 2년 주기로 뱅보하는 용도로만 써요 열어서 일년반 정도 쓰다가 닫고 다시 열어요.

타인 계좌도 문제인데, 금액도 커서 lock 걸릴 확률 높을 듯 합니다.
IRS 문제는 안될 것 같은데요.

저 같으면 이정도 규모라면 Fidelity를 이용하거나, 은행가서 check deposit할 것 같습니다.

Fidelity(401k 제외)에 투자를 하고 계신다면 Hub로 사용하시기에는 좋으실 겁니다.
어느 정도 투자를 하신다는 가정하에서는 모든 것이 빠릅니다.
A->B로 가면 2-3일 걸릴 것이
A->Fidelity->B로 가면 하루에 끝날 수도 있습니다.
Fidelity에 현금 버퍼가 좀 있다면 당일에 동시 처리도 되고요.

씨티 뱅보오퍼 개인적으로 받은건 없고, 저희집 zip code치니 오만넣고 $700 받을수 있다고 떠서 갑자기 관심이 생겼는데

보통 이렇게 뱅보해서 여는 체킹은 몇년 킵해야하나요?

보너스 들어오자마자 닫으면 안될것같고.. 암묵적인 기간이 있나요?